Actualmente no se dispone de evidencia científica que recomiende el uso del trasplante fecal como tratamiento para esta patología. En el 2019 se han publicado varios ensayos clínicos que comparaban la efectividad del trasplante fecal con el uso de placebo ó trasplante autólogo de heces. Sin llegar a conclusiones firmes que respalden su uso como opción terapéutica apoyada por expertos. Sin embargo, se sigue investigando su utilidad en el Síndrome de Intestino Irritable.